其中，中国科学院院长奖评选活动始于1999年，已逐渐成为中国科学院优秀研究生的标志与品牌。
2007年度中国科学院院长特别奖获奖名单
| 数学与系统科学研究院 | 赵延龙 |
| 高能物理研究所 | 张 毅 |
| 理论物理研究所 | 全海涛 |
| 物理研究所 | 柳延辉 |
| 化学研究所 | 汤庆鑫 |
| 半导体研究所 | 冯 文 |
| 电子学研究所 | 陈 兴 |
| 自动化研究所 | 王 坤 |
| 长春应用化学研究所 | 李 奚 |
| 东北地理与农业生态研究所 | 段洪涛 |
| 大连化学物理研究所 | 孙军明 |
| 海洋研究所 | 郭占勇 |
| 上海生命科学研究院 | 管沉冰、杨秀娟 |
| 上海药物研究所 | 张 健 |
| 上海有机化学研究所 | 顾振华 |
| 合肥物质科学研究院 | 段国韬 |
| 中国科学技术大学 | 张国华、薛向辉、周荣斌 |
2007年度中国科学院优秀导师奖获奖名单
| 数学与系统科学研究院 | 张纪峰 |
| 高能物理研究所 | 胡红波 |
| 理论物理研究所 | 孙昌璞 |
| 物理研究所 | 汪卫华 |
| 化学研究所 | 胡文平 |
| 半导体研究所 | 王 圩 |
| 电子学研究所 | 崔大付 |
| 自动化研究所 | 蒋田仔 |
| 长春应用化学研究所 | 曲晓刚 |
| 东北地理与农业生态研究所 | 张 柏 |
| 大连化学物理研究所 | 包信和 |
| 海洋研究所 | 李鹏程 |
| 上海生命科学研究院 | 袁小兵 |
| 上海生命科学研究院 | 段树民 |
| 上海药物研究所 | 蒋华良 |
| 上海有机化学研究所 | 麻生明 |
| 合肥物质科学研究院 | 蔡伟平 |
| 中国科学技术大学 | 叶向东、窦贤康、田志刚 |
（培养办公室供稿）
