1999-2005年全国优秀博士学位论文评选结果统计
（按单位排列，总篇数在2篇以下的略）
| 序号 | 学位授予单位名称 | 总合计 | 1999年至2004年篇数 | 2005年篇数 |
| 合计共117个单位 | 688 | 591 | 97 | |
| 1 | 中国科学院研究生院 | 107 | 93 | 14 |
| 2 | 北京大学 | 53 | 45 | 8 |
| 3 | 清华大学 | 53 | 48 | 5 |
| 4 | 复旦大学 | 36 | 33 | 3 |
| 5 | 浙江大学 | 23 | 20 | 3 |
| 6 | 南京大学 | 22 | 19 | 3 |
| 7 | 中国人民大学 | 18 | 16 | 2 |
| 8 | 中国科学技术大学 | 17 | 14 | 3 |
| 9 | 上海交通大学 | 14 | 13 | 1 |
| 10 | 西安交通大学 | 14 | 12 | 2 |
| 11 | 山东大学 | 13 | 10 | 3 |
| 12 | 中南大学 | 12 | 9 | 3 |
| 中山大学 | 12 | 11 | 1 | |
| 14 | 北京师范大学 | 11 | 10 | 1 |
| 南开大学 | 11 | 7 | 4 | |
| 16 | 武汉大学 | 10 | 7 | 3 |
| 17 | 北京航空航天大学 | 8 | 8 | |
| 哈尔滨工业大学 | 8 | 7 | 1 | |
| 东南大学 | 8 | 7 | 1 | |
| 中国矿业大学 | 8 | 8 | ||
| 21 | 中国协和医科大学 | 7 | 5 | 2 |
| 同济大学 | 7 | 6 | 1 | |
| 西北工业大学 | 7 | 6 | 1 | |
| 国防科学技术大学 | 7 | 5 | 2 | |
| 第二军医大学 | 7 | 6 | 1 | |
| 26 | 华东师范大学 | 6 | 5 | 1 |
| 华中科技大学 | 6 | 6 | ||
| 第三军医大学 | 6 | 5 | 1 | |
| 29 | 中国农业大学 | 5 | 3 | 2 |
| 天津大学 | 5 | 3 | 2 | |
| 吉林大学 | 5 | 5 | ||
| 上海第二医科大学 | 5 | 5 | ||
| 华中师范大学 | 5 | 4 | 1 | |
| 西南交通大学 | 5 | 4 | 1 | |
| 中国社会科学院 | 5 | 5 | ||
| 36 | 大连理工大学 | 4 | 2 | 2 |
| 南京农业大学 | 4 | 2 | 2 | |
| 四川大学 | 4 | 3 | 1 | |
| 四川农业大学 | 4 | 4 | ||
| 西北大学 | 4 | 4 | ||
| 西安电子科技大学 | 4 | 3 | 1 | |
| 42 | 北京理工大学 | 3 | 2 | 1 |
| 北京林业大学 | 3 | 2 | 1 | |
| 哈尔滨工程大学 | 3 | 3 | ||
| 华东理工大学 | 3 | 3 | ||
| 南京航空航天大学 | 3 | 3 | ||
| 南京理工大学 | 3 | 3 | ||
| 西北农林科技大学 | 3 | 3 | ||
| 中国农业科学院 | 3 | 3 | ||
| 国防大学 | 3 | 3 | ||
| 第四军医大学 | 3 | 2 | 1 | |
| 军事科学院 | 3 | 2 | 1 |
