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软件工程硕士（MSE）是2001年底由国务院学位办批准新设立的工程硕士领域，是国际通用的培养软件工程高级人才的教育模式，在我国刚刚开始兴起。软件工程硕士教育不同于一般高等院校计算机、软件学科的教学体系，而是直接针对软件企业的需求，按照工程化的培养方向，注重实践教育和技能教育，培养实用型、复合型的国际化软件高级工程技术人才和管理人才。
为适应国家以信息化带动工业化的战略需求，培养高层次、创新性强的实用型软件工程技术人才以满足国家软件产业发展的迫切需求，发挥中国科学院研究生院（以下简称“研究生院”）作为国内规模最大的高级科技人才培养基地和国家创新人才培养基地的社会服务功能，根据国务院学位委员会有关文件规定和中国科学院自身队伍建设和发展的实际需要，研究生院从2001年年底开始，在软件工程领域开展了培养工程硕士的工作。
2001年10月，中国科学院研究生院联合中科院软件研究所、中科院计算所、中科院北京软件工程研制中心和中科院计算机网络信息中心等共同发起成立了中国科学院研究生院软件学院（以下简称软件学院），并经国务院学位办批准，从2002年开始招收软件工程硕士（MSE），与美国卡耐基-梅隆大学、微软亚洲研究院联合培养。
根据国家对于软件工程硕士培养的指导意见，结合研究生院和中国科学院在软件工程教学研究和产业实践方面的资源积累和工作基础，软件学院组织专家学者认真研究、科学规划，设计出了一套独具特色的高级软件人才培养方案，在培养软件工程高级人才方面进行了有益的尝试。

一、与国外著名大学联合办学，建立独具特色的培养模式

“坚持走国际化道路”是软件工程硕士培养的重要原则。研究生院在软件工程硕士的教育上充分利用国际教育资源，借鉴和引进国外先进的教材、教学及管理经验，在教学模式、管理体制、教学内容、课程体系、教材教参、教学方法等方面与国际成熟模式接轨。
2002年3月，软件学院聘请原卡耐基梅隆大学信息学院院长、全美图灵奖获得者Dr.Raj.Reddy为名誉院长，同时与卡耐基梅隆大学建立了软件工程师资合作与交流计划。软件学院全面引进了卡耐基梅隆大学的软件工程硕士课程设置体系，并针对中国软件企业的实际需求，按照“fammas”体系构架，设计出一套适合中国国情的独具特色的培养方案和培养模式。
软件学院将软件工程硕士的培养体系按知识和实践两类，分为六大模块，即Formal model（F）、Architecture（A）、Method（M）、Management（M）、Analysis（A）、Studio（S）；并将培养分两个阶段，1年半左右的课程学习阶段和1到1年半左右的毕业设计阶段。课程学习阶段，软件学院聘请国外高水平教师来校进行专业课程授课，开展双语教学、联合教育，强化对国际技术标准的认知和英语能力的培养。课程完成后，一部分学生可以在国内完成毕业设计，一定比例的优秀学生按照研究生院与卡耐基梅隆大学的协议可以选送到卡耐基梅隆大学学习，可获得卡耐基梅隆大学的硕士学位。
此外，软件学院还与澳大利亚墨尔本大学在软件工程教育上开始了全面合作，与美国密苏里—堪萨斯大学（UMKC）等高校达成了合作意向。

二、明确培养目标，注重工程化实践教学

软件学院以培养具有扎实的软件工程理论、娴熟的软件工程管理能力和设计开发技术，具有多学科知识背景，创新能力较强、具有国际竞争能力的高层次实用型、复合型软件人才为培养目标。
软件学院招收的软件工程硕士分为软件项目管理和软件系统分析两个专业方向，进行专业理论、最新技术、系统分析、系统设计、CMM和ISO9000方面的教育，加强知识和技能的结合、技术和管理的结合、能力与素质的结合。除软件技术知识的教学外，强化对项目管理、国际软件市场的商务、WTO规则与软件知识产权的法律保护等方面的知识。
软件项目管理专业的培养目标是未来IT或相关行业的高级软件项目经理。他们不仅具备软件工程开发的CMM运用能力和项目组织管理能力，而且具有高超的团队管理、客户管理以及市场营销能力。
软件系统分析专业是为了培养未来IT或相关行业高级软件分析师、工程师。他们具有较全的知识覆盖面和很强的工程实践能力，了解和掌握计算机科学与技术国际发展动态、透彻掌握计算机软件的基本理论、基本知识，具有高层次运用计算机软件新技术的能力、掌握和运用计算机软件工程管理、系统分析的方法和技术，具有很强的研制和开发计算机软件系统的技能，熟练掌握CMM的平台和开发、管理工具、具有软件应用行业背景知识，成为企业的技术核心力量。
在教学体系的搭建上，软件学院注重工程化方向，从软件工程思想和软件生产企业的需求出发，由微软、MOTOROLA 顶级专家参与设计和教学实践，结合国际著名IT厂商的认证课程，增强课程内容的实用性和针对性，强化软件产业现场实用技术的教学，加强对学员软件工程管理能力的培养，提高对软件生产质量保证体系CMM、ISO9000的认知，使学员熟悉现代软件生产的流程。
在课程组织上，以项目为核心，由软件学院组织到中国科学院相关研究所、微软亚洲研究院等著名国际企业和国内顶级软件企业实习，并围绕企业项目完成毕业设计。
在课程教学中，注重案例教学，由国际著名公司提供一流的软件工程平台及开发工具、并由国际厂商和国内软件企业提供成熟产品进行剖析。
在对学员的指导上，实行双导师制，由学院老师和具有先进的软件开发经验的企业专家同时担任指导教师，将学历教育与职业技能教育结合起来，完成学业者可同时获得中国科学院高级软件工程师认证证书。

三、与软件产业紧密结合，强化校企联合办学

软件学院坚持“从产业中来，到产业中去，根植软件产业，伴软件产业同行”的办学原则，积极开展与软件产业和软件企业的教学合作和工程实践合作。
经过积极的对外联系工作，软件学院已与联想集团、中科软件、北京凯思软件集团等科学院系统的高技术企业和托普软件、东软股份、中软股份等中国著名的软件企业在人才培养上建立了密切的合作关系，软件学院为这些企业培养人才，企业为软件学院提供实习基地。
另外，软件学院还与北京中关村、深圳高科技园、上海张江高科技园、江苏软件园、大连软件园等国家级软件产业化基地确定了人才供求意向，与部分国际知名IT企业如微软、IBM等达成了合作办学的协议。

四、组建多层次、多来源的师资队伍

研究生院软件工程硕士的培养集合了一支多层次、多来源的高水平的师资队伍，其中1/3的授课教师为中国科学院相关培养单位的富有教学经验和理论修养的专家和教授，1/3的授课教师来自于微软、SUN和国内大型软件企业具有丰富实践经验的技术主管，1/3的课程由有国外大型IT企业、国外科研机构的工作背景的专家以及国外著名大学（卡耐基梅隆大学）的教授用英语授课。学生在此不仅能系统的学习基础课，专业课，同时还能进行项目实践，倾听国际权威专家的专题讲座。

五、进校不离岗，进行灵活、实际的教学管理

软件学院针对学员已具有软件企业实践经验的在职人员为主的特点，推进“以学生为中心、以用人单位需求为导向”的教学思想，注重个性化的培养方案的设计，形成了灵活的教学体系、动态的教学计划和多样化的培养目标。
教学管理上，采取符合在职人员实际的“进校不离岗”的半脱产的培养方式，课程教学安排在双休日，即每周六日，教学管理上实行完全弹性学分制，3年之内学习成绩有效并允许分阶段完成学业。
同时，针对在职人员特点，软件学院为学员提供一站式服务，专门安排课程小组进行实践和指导，并进行学生择业与创业指导服务。

六、保证质量，严格教学质量评估与管理

为保证教学质量，软件学院成立了教学专家小组，由来自高校、研究机构和著名软件企业技术专家组成。教学专家小组定期开会，对整个培养方案和具体课程的教学大纲进行研讨确定，以保证培养方案的不断完善，同时对主要任课教师进行资格审定和教学试听，以保证师资队伍水平不断提高。
软件学院还及时开展教学评估、教学效果调研和评价工作，积极开展学生与教师之间的教学沟通和学习交流，并根据师生互动工作和结果，及时调整教学计划、教学内容和教学方法，确保教学目标和培养目标的实现。