2008年5月12日，四川省汶川县发生重大地震灾害，灾情牵动着化学所全体师生的心。5月13日，化学所立即召开由在京所领导班子成员、职能部门负责人、工会负责人、妇委会负责人及团委和研究生会负责人参加的紧急会议，会上传达了中科院办公厅及北京分院的有关抗震救灾的重要指示，同时部署了化学所抗震救灾工作具体安排，成立了化学所抗震救灾工作小组，并发出了“我们心在一起――化学所援助汶川地震灾区紧急行动”的通知。5月14日上午化学所又召开支部书记会，进一步对抗震救灾工作进行传达和部署，要求各党支部做好化学所在灾区的学生和职工家属的统计及对后续工作做了重点安排。
5月14日早7点，化学所研究生会协助化学所抗震救灾工作小组在所礼堂门口设立募捐箱为地震灾区募捐，募捐现场情景十分感人，全民一心、情系灾区之情淋漓尽现。陆续到所的师生纷纷尽己所能、踊跃捐款，爱心遍及整个化学所，他们以自己最纯洁的心灵，最实际的行动真诚祝愿灾区人民战胜困难、重建家园。
截至14日13:00，仅半天时间捐款人数即已超过700人，捐款总额超过11万元。本次捐款活动将持续一天半时间。
