据美国信息科学研究所(ISI)基本科学指数(Essential Science Indicator) 数据库2009年11月1日最新数据显示，中国科学院过去10年(1999年1月1日至2009年6月30日) 发表SCI论文数12万3593篇，首次超过俄罗斯科学院（12万3480篇），跃居世界科研机构和大学第一名。美国哈佛大学(9万7011篇)，德国马普协会（7万0336篇）分列3，4名。总引用次数方面，中科院以77万5040次，在全球排21名，在全国科研机构、高等院校则高居榜首。
篇均引用次数有所改观，由去年的5.63次/篇升至6.27次/篇。引用次数少，特别是篇均引用次数少，一方面反映了论文的影响力较小，另一方面也与新增论文占的比例较大，引用高峰期滞后有关。预计论文引用情况将在今后3－5年左右的时间内有较大的改观。此外，有不少中科院的学者将中科院的英文名称（Chinese Academy of Sciences）写成Academia Sinica（台湾“中央研究院”英文名称），也影响了中科院的SCI论文统计数据。过去十年台湾“中央研究院”发表SCI论文数1万1529篇，总引用次数11万4140次。
主要学科具体情况如下：
一、化学领域
SCI论文总数3万2784篇，首次超过俄罗斯科学院（3万2499篇）跃居首位，遥遥领先于德国马普（1万1175篇）和法国CNRS（8267篇）；SCI引用总次数达到24万8679次，比三年前（9万4730次）增加163%，超越德国马普协会（19万5651次）和加州大学伯克力分校（13万9202次），排名1位。篇均引用次数由去年的6.72次/篇提高到7.59次/篇，在全世界上榜的919家单位中排名750名。
二、物理领域
SCI论文总数2万6255篇，仍排在俄罗斯科学院（3万0741篇）之后，在全世界科研单位中排名第2位；SCI引用总次数达到15万5312次，排名第4位，与排在首位的德国马普协会（25万4051次）仍有较大差距。篇均引用次数为5.92次/篇，在全世界上榜的667家单位中排名631名。
三、地球科学领域
SCI论文总数9025篇，在全世界科研单位中排名第2位；排在中国科学院之前的仍然是俄罗斯科学院（1万3823篇）。SCI引用总次数达到5万7439次，排名由去年的全球8位升至第6位。篇均引用次数由去年的5.84次/篇上升至6.36次/篇，在全世界上榜的435家单位中排名420名。仍有很大的上升空间。
四、环境与生态领域
SCI论文总数4857篇，首次超过USDA（4724篇），在全世界科研单位中排名第1位。SCI引用总次数达到2万7289次，比三年前（6957次）增加292%，排名升至12位。篇均引用次数由4.90次/篇升至5.62次/篇，在全世界上榜的524家单位中排名521名。
五、数学领域
SCI论文总数2491篇，在全世界科研单位中排名第3位；SCI引用总次数达到8540次，排名由原来的11位升至8位。篇均引用次数由去年前的3.07次/篇升至3.43次/篇，在全世界上榜的189家单位中排名149名。
六、生物与生化领域
SCI论文总数5615篇，在全世界科研单位中排名由去年的第5位上升至第4位；SCI引用总次数达到3万7429次，排名由去年的102位升至79位。篇均引用次数由5.91次/篇升至6.67次/篇，在全世界上榜的697家单位中排名690名。
七、计算机科学领域
SCI论文总数2019篇，在全世界科研单位中排名由去年的第5位升至第4位；SCI引用总次数3628次。篇均引用次数由1.65次/篇上升至1.80次/篇，在全世界上榜的328家单位中排名317名。
