为切实推进和落实科教结合协同育人行动计划，中国科学院大学根据各单位上报的2013年开展大学生科研实习实践情况，评选出16个单位为“2013年优秀大学生科研实践基地”，并予以每个单位3万元奖励，武汉物数所榜上有名。
1999年，在叶朝辉院士的推动下，中科院武汉物理与数学研究所与华中科技大学签署全面合作协议，双方秉承互助、互利、互惠、互补的原则，在学科建设、研究生教育方面达成合作协议，双方互聘教授、共同建设，提高师资力量和研究生科研水平；并实行兼职导师制，武汉物数所定期接受华中科技大学的相关专业大学生来所实习。协议执行以来，双方获益颇丰。2010年，双方续签协议，继续在科教、育人方面开展合作，促进彼此科教事业的繁荣。
2011年，国科大启动的大学生科研实践计划与双方原本的合作协议不谋而合，该计划鼓励全国重点高校优秀本科生参与科研实践，培养学生的科研兴趣和基本科研能力，研究所也从中选拔有意向的优秀本科毕业生来所继续深造，进一步拓宽了研究所接收科研实习生的渠道和思路。武汉物数所研究生部与华中科技大学物理学院等重点院校相关院系的老师和领导进行过多次的深入沟通和交流，曾任华中科技大学物理学院副院长的熊曹水教授毕业于中国科技大学，他认为，高校与科研机构的合作模式应该秉承中科大“所系结合、全院办校”的指导思想和办学方针，加大校所联合，通过做好大学生科研实践计划等活动，将本科生的科研训练落到实处、起到实效，同时为研究所选拔优秀学生、培养科研生力军提供支持、输送资源。
2011年7月，来自华中科技大学物理学院的47名同学和武汉大学物理学院的9名同学到武汉物数所进行为期两周的科研实习，在听取了学科报告并实地参观实验室后，同学们按照计划安排分配到相关研究室的30个课题组进行科研实习。
截止到2014年，武汉物数所结合研究所实际情况，每年都开放20多个课题组，接待华中科技大学物理学院学生来所进行科研实习，实习规模维持在30人左右；同时也接收来自华中师范大学、中国地质大学、湖南师范大学等重点院校的个人、团体的实习报名。
