一直以来，很多江豚保护组织都将鄱阳湖看作为长江江豚的最后“避难所”，为什么还要将它们迁居到别的水域进行保护？据水生生物研究所研究员王丁介绍：从2005年至2014年，各种规模的种群数量监测研究结果显示，鄱阳湖江豚的种群稳定在450头左右。“虽然鄱阳湖江豚的数量很多，生存环境也比较好，但江豚的保护已经进入了最后的保种阶段。”王丁研究员还强调，加强迁地保护工作，把一些江豚放到一些自然条件非常洁净的地方，从而改造他们的遗传结构，为整个长江江豚的保护建立一个坚实的基础，以延续长江江豚的自然繁衍。
此次“江豚迁地工程”在鄱阳湖水域共实施保护性捕捞江豚37头次，并挑选了8头合适的个体从鄱阳湖水域输出，其中4头作为第一批建立者种群迁入湖北省监利县何王庙（集成垸）长江故道水域，另外4头迁入湖北省石首县天鹅洲故道水域，以改善该故道江豚群体遗传结构。
水生所多年调查结果显示，长江江豚种群数量正在加速下降。在长江经济发展与生态环境保护矛盾日益尖锐的状况下，作为长江特有濒危物种江豚的保护已经迫在眉睫。在加强长江江豚就地自然保护的同时，必须加速推进长江江豚的自然迁地保护，扩大自然迁地保护规模，尽可能多地建立“自然迁地保种”种群，以延续长江江豚的自然繁衍。
