应中国科学院亚热带农业生态研究所土壤环境与生态研究组吴金水研究员邀请,国际著名土壤微生物学家,我所外籍特聘研究员,西澳大学、中澳土壤生物系统联合实验室教授Andrew Whiteley及Deepak Kumaresan博士于2014年10月20–30日访问我所,开展“下一代环境组学数据的生物信息学研讨会(Bioinformatics for Next Generation Environmental data)”及土壤微生物前沿研究的学术讲座与交流,并讨论双边合作事宜。
其学术报告安排如下,欢迎各位老师和同学参加。
10月21日 (星期二)
9:00-10:30 MicroBlitz: One year on and what have we learned about Citizen Science and our environment? (Prof. Andrew Whiteley)
10:30-10:45 Tea and coffee break
10:45-12:00 Microbial life in Movile Cave (Romania) – an unusual cave ecosystem
(Dr. Deepak Kumaresan)
报告地点:亚热带生态所所一楼会议室
联系人:王娟、葛体达
10月22日 (星期三)
Workshop on Bioinformatics for Next Generation Environmental data
9:00-11:30 Qiime-based analysis of 16S rRNA gene amplicon sequences
14:30-16:30 Next-generation sequence analysis of functional gene sequences
16:30-17:30 Hands-on experience and discussion
10月23日 (星期四)
Workshop on Bioinformatics for Next Generation Environmental data
9:00-11:30: Shot-gun metagenome sequence analysis using MG-RAST platform
14:30-16:30 Shot-gun metagenome sequence analysis using IMG platform and other tools
16:30-17:30 Hands-on experience
* User-group formation and discussion (4-5 groups depending on the number of participants)
10月24日 (星期五)
Workshop on Bioinformatics for Next Generation Environmental data
9:30-11:30 User-group discussions
14:30-17:30 User-group presentations
*We can choose to use our own sequences or can use publicly available sequences from MG-RAST or IMG.
地点:所206会议室
联系人:王娟、葛体达
Andrew Whiteley在我们所的详细日常安排见附件。
欢迎各位老师、同学参加讨论!
报告人简介:
Prof. Dr. Andrew Whiteley教授,西澳大学State’s newest Premier’s Fellow,他的研究主要围绕陆地、海洋和极地环境微生物多样性进行,应用DNA编码技术解析土壤微生物种群、建立“健康”和“退化”环境的分子微生物指纹图谱。在进入西澳大学之前,他在牛津大学建立了国际著名分子生态学实验室,率先开发了RNA稳定同位素探针、“格里菲斯”DNA和RNA共提取方法等技术,奠定了商品化试剂盒和基于Raman的微生物细胞的显微镜技术的基础。最近他负责了世界上第一个5km分辨率的国家尺度上的微生物多样性图谱,以及相关的土壤健康、环境因素和地理特征。同时,他还致力于研究环境DNA研究的民众参与机制。比如他领导的民众科学项目中的“微晶石”计划(MicroBlitz),通过收集和递交澳大利亚公民DNA序列的样本用来微生物多样性图谱的绘制。在Nature等期刊发表了有关分子微生物生态学论文80多篇。文章引用超过5000多次,H指数为40,i指数(论文引用次数超过10次的)为72。