中国科学院优秀博士学位论文奖
中国科学院优秀博士学位论文评选始于2004年，旨在加强高层次人才创造能力的培养，提高中国科学院博士生教育的质量，激励博士生开展原创性的研究工作，创建具有中国科学院特色的研究生教育品牌。
2004年-2012年，共累计评选出中国科学院优秀博士学位论文548篇。中国科学院优秀博士学位论文的作者获中国科学院优秀博士学位论文奖,其导师相应荣获中国科学院优秀研究生指导教师奖。
2012年，中国科学院优秀博士学位论文奖获得者99名，中国科学院优秀研究生指导教师奖获得者97名。
中国科学院院长奖
中国科学院院长奖设立于1989年，分为院长特别奖和院长优秀奖，面向全院奖励在科学研究和技术创新方面做出突出成绩的博士、硕士研究生，是中国科学院对在学研究生的最高奖励。其中院长特别奖成为中国科学院优秀研究生的标志，院长特别奖的导师相应荣获中国科学院优秀研究生导师奖。
1989年-2012年，共累计评选出476名院长特别奖，3627名院长优秀奖；476名导师荣获中国科学院优秀研究生导师奖。其中2012年度院长特别奖获得者50名，院长优秀奖获得者300名，中国科学院优秀研究生导师奖获得者49名。
中国科学院朱李月华奖学、奖教金
中国科学院朱李月华奖学、奖教金由香港金利丰集团总裁朱李月华女士捐赠设立于2008年。分为朱李月华优秀博士生奖和朱李月华优秀教师奖，奖励中国科学院成绩优异的博士研究生和从事研究生教学工作的研究生教师。其中，为支持西部地区的人才培养工作，朱李月华优秀博士生奖的50%奖励西部地区的博士研究生。
2008年-2012年，中国科学院共有1500名博士生获得朱李月华优秀博士生奖，500名教师获得朱李月华优秀教师奖。其中，2012年朱李月华优秀博士生奖获得者300名，朱李月华优秀教师奖获得者100名。
宝洁优秀研究生奖学金
宝洁优秀研究生奖学金由亚洲宝洁研究与发展中心捐赠设立于1999年，奖励在化学、物理、数学及机械工程学、信息科学与技术和生命科学等领域的品学兼优的在学研究生。
1999-2012年，中国科学院共有400余位优秀的博士、硕士研究生获得宝洁优秀研究生奖学金。其中2012年宝洁优秀研究生奖学金获得者50名。
地奥奖学金
中国科学院地奥奖学金由中国科学院成都地奥制药公司捐赠设立于1996年。旨在促进生命科学及相关学科发展，激励中国科学院生物学领域在学研究生勤奋学习、创新进取，促进优秀人才成长。分为一等奖和二等奖。
2012年地奥奖学金一等奖获得者30名，地奥奖学金二等奖获得者60名。
大恒光学奖学金
大恒光学奖学金由中国大恒（集团）有限公司及王大珩院士捐资设立于1989年。用于奖励中国科学院在应用光学科研或专门技术上做出突出成绩的在学研究生。分为特等奖和优秀奖，每年奖励20人。
2012年大恒光学奖学金特等奖获得者5名，大恒光学奖学金优秀奖获得者15名。
美国超导公司奖学金
美国超导公司奖学金由美国超导公司捐资设立于2011年，旨在激励在中国科学院从事超导科技、新能源和智能电网研究工作，并在科学研究和技术创新方面取得突出成绩的硕士和博士研究生。
继2011年42名博士、硕士研究生获得中国科学院美国超导公司奖学金后，2012年又有46位博士、硕士研究生成为中国科学院美国超导公司奖学金的获得者。
“CAS—Springer”优秀博士论文奖
“CAS—Springer”优秀博士论文奖设立于2011年，由中国科学院大学与德国施普林格科学与商业媒体集团（Springer）合作，共同推荐、挑选、以多种媒体形式出版英文版中国科学院优秀博士论文。至2012年11月，已与7位中国科学院优秀博士学位论文获得者签约，其中有3位获奖者的论文已出版。
施普林格科学与商业媒体集团(www.springer.com) 成立于1842年，是目前自然科学、工程技术和医学（STM）领域全球最大的图书出版社和第二大学术期刊出版社。优秀博士学位论文项目（Springer Theses）是Springer集团旗下的一个图书系列品牌，专门出版来自世界各国顶级高校和研究机构的最优秀的博士学位论文，入选论文具有突出的科学成就，并在相关研究领域产生了深远影响。
刘瑞玉海洋科学奖学金
刘瑞玉海洋科学奖学金由中国科学院海洋研究所刘瑞玉院士于2012年设立。奖励海洋生物学领域优秀在学研究生。2012年共8名博士生、8名硕士生获得刘瑞玉海洋科学奖学金。
刘瑞玉（1922-2012），中国科学院院士，历任中国科学院海洋研究所研究员、博士生导师。我国著名的甲壳动物学家、海洋底栖生物生态研究的奠基人之一，50多年来，发表论文150多篇、专著9部，先后获国家自然科学奖、科技进步奖，中国科学院重大科技成果奖、自然科学奖、科技进步奖，农业部养虾荣誉奖，山东省科学大会奖、科技进步奖等20多项，以卓有成效的工作推动了我国海洋生物学、甲壳动物学和水产养殖事业的发展。
保罗生物科技奖
保罗生物科技奖由保罗生物园科技股份有限公司捐赠设立于2012年，奖励中国科学院大学生物学及管理学领域相关研究生培养单位成绩优异的在学研究生和研究生指导教师。2012年评选出特别奖10名、优秀奖25名、教师奖5名。
保罗生物园科技股份有限公司是集生物保健系列产品的研发、制造、销售于一体的北京市高新技术企业，公司与中国科学院微生物研究所强强联手，引进日本、加拿大等国家先进的专利技术，研制生产出具有世界领先水平的微生物酵素系列产品。
