“联合培养本科生计划”（又名“菁英计划”）是中国科学院、教育部共同选择具有区域代表性的“211工程”高等学校与中科院相关研究所，校所对应结成合作团队，在一个或几个优势专业实施联合培养本科生计划，探索本科阶段高水平创新创业人才培养的新模式。
“菁英计划”由对应高等学校和研究所的教授专家共同研讨制定学生培养方案和教学大纲。前期，学生在高等学校学习基础课及专业基础课，中科院派专家学者参与教学活动；后期，学生到研究所学习部分专业课，并开展科研实践和毕业设计及论文撰写工作。
作为中科院与教育部科教行动系列计划的一部分，“菁英计划”旨在充分利用中国科学院的智力资源和科技资源，将其引入到相关高校的本科生教育培养过程中，增强高校的育人实力和竞争实力，探索科研院所与高校联合培养拔尖创新人才的新模式。
2012年1月11日，“菁英计划”工作研讨会在中国科学院大学（以下简称国科大）举行，中科院副秘书长、国科大党委书记邓勇在会上指出，中科院研究所与大多数高校有合作共赢的基础，数学与系统科学研究院等单位已作了很好的尝试。希望大家在相互交流学习的基础上，坚定信心，解放思想，大胆创新，积极探索与高校开展本科生合作培养的新途径、新模式。
国科大副校长王颖说：“中科院研究生培养规模较大，生源数量和质量的保障是一件非常重要的事情。将中科院的科教资源优势投入到高校的本科教育之中，与高校合作育人，一起"栽树、浇水、摘果"，是解决科学院研究生生源的一条途径。”
王颖介绍说，在选择合作高校时，中科院主要考虑合作基础、高校的积极性以及预期成果等因素。同时，国科大对“菁英计划”的牵头单位会有持续的经费支持，但会根据实施进展情况作动态调整。
2012年8月29日，由教育部、中科院在北京联合举行“科教结合协同育人行动计划”启动仪式，同时有31对高校和研究所签署了战略合作协议。同年12月，中科院根据“菁英计划”项目申报情况，经国科大项目评审小组评议，决定对43个研究所和36所大学开展的61个与高校“联合培养本科生计划”项目进行经费支持，联合培养本科生规模为2072人。
截至目前最新统计数据，通过“菁英计划”受益的学生达到2500名左右。
