2014年4月，受国家发展和改革委员会委托，南京地理与湖泊研究所陈雯研究员及区域发展与规划团队开展《市县“十三五”国民经济和社会发展规划改革创新的指导意见》（以下简称“指导意见”）研究工作，并于2014年9月向国家发改委提交研究成果。11月，国家发改委在南京地理所提供的研究成果基础上形成发布正式的指导意见，作为指导全国市县编制“十三五”规划和推进市县规划体制改革试点的重要依据。
南京地理与湖泊研究所提交的研究报告，在分析判断“十三五”经济社会发展总体趋势、规律及要求的基础上，汲取相关理论及实践经验，探索提出了市县“十三五”规划改革创新的总体思路，按照市县不同主体功能类型，探讨规划编制原则、规划目标、主要内容的编制要求、可能的实施路径等。重视将经济社会发展与空间布局融为一体，以主体功能区为基础，提出将市县空间划分为城镇、农业、生态三类空间，并以三类空间为基础确定经济社会发展任务，并研究提出市县规划编制过程、规划衔接协调机制、部门分工职责、公众参与路径等建议。
国家发改委认为，南京地理与湖泊研究所提供的研究成果充分体现了国家当前推进市县规划体制改革和“多规合一”的要求，研究结论具有较强的科学性和操作性，为出台指导意见提供重要科学依据和参考。
