1月5日下午，研究生院召开领导班子贯彻落实科学发展观分析检查报告群众评议大会，教代会代表、各单位（部门）副处级及以上党政负责人、各教工党支部书记、非领导班子成员的党委委员和纪委委员参加会议。党委副书记、副院长苗建明主持会议。
会上，党委书记邓勇代表领导班子作了研究生院贯彻落实科学发展观领导班子分析检查报告，苗建明副书记首先就分析检查报告的起草、意见的征求、报告的修改等情况作了说明，与会同志对领导班子分析检查报告通过填写评议表的方式进行了无记名评议。
从2008年10月21日召开深入开展学习实践科学发展观活动动员大会以来，研究生院的学习实践活动，在中科院党组和北京分院党委的指导下，制定并按照实施方案和各阶段具体工作方案的要求有序进行，在扎实完成第一阶段（学习调研阶段）四个环节的基础上，从2008年12月10日至2009年1月5日，历时近一个月，组织实施了第二阶段即分析检查阶段的各项工作。
按照中央和中科院党组关于深入开展学习实践科学发展观活动的总体要求，根据《中国科学院研究生院关于开展深入学习实践科学发展观活动的实施方案》第二阶段“分析检查”阶段的具体安排，研究生院领导班子高度重视分析检查报告的撰写工作，将它看作第二阶段三个环节中最重要的环节，于2008年12月19日召开党委会议，专题讨论了分析检查报告的基调和框架内容，成立由邓勇书记直接领导、领导班子成员全体参与、学习实践活动领导小组相关人员分工负责的分析检查报告起草小组。在充分运用第一阶段学习调研和第二阶段专题民主生活会成果的基础上，领导班子成员和起草小组紧密联系实际，认真查找问题，深刻分析主客观原因特别是主观原因，着力破解发展难题，经过加班加点地努力，于2008年12月22日形成了领导班子贯彻落实科学发展观分析检查报告初稿。
分析检查报告针对问题的来源主要包括五个方面，一是上级对研究生院党委的考核评价情况、行政班子换届考核中职工反映的主要问题和党委换届过程中的系列座谈会的意见建议。二是第一阶段学习调研中的问题调研和专题调研成果，包括8个方面的68个具体问题。在问题调研的基础上，经党委会审议，确定了四个调研专题即：战略规划与党建工作、教育质量与体制机制、队伍建设、校园文化建设，同时成立了四个专题调研组，截至2008年12月5日，每个组已经形成了初步的调研报告，为第二阶段工作打下了良好的基础。三是领导班子以“加强领导班子建设和个性修养”为专题的民主生活会，对领导班子总体、班子成员个体存在问题进行的剖析。四是领导班子在分析检查报告形成过程中的讨论结果。五是对分析检查报告（征求意见稿）广泛征求意见中具体反馈的意见。
分析检查报告初稿形成后，向领导班子每一位成员和党委委员征求了意见。随后，面向广大教职工公开征求了意见，重点通过召开人大代表、政协委员、民主党派、无党派人士代表座谈会，教代会常设主席团成员座谈会，院属各党总支教工支部（直属党支部）、机关联合党总支各教工支部民主生活会等三种形式，当面听取了教职工的意见。通过征求意见，学校领导班子成员感受到了广大教职工对分析检查报告的高度关注，感受到了对学校科学发展的真诚期待。广大教职工在充分肯定分析检查报告查找问题比较准确，分析比较全面，认识比较深刻，措施比较得当的同时，也提出了中肯的修改意见和建议。广大教职工的口头和书面意见，有代表性的共有60余条，涉及队伍建设、深化院所结合等18个方面的问题，基本上覆盖了分析检查报告的各个方面。上述意见和建议，领导班子都作了认真的研究，并用元旦假期由起草小组逐章逐句作了修改，大部分意见和建议都吸纳进了分析检查报告当中，少部分具体建议将体现在第三阶段的领导班子整改报告当中。
邓勇代表学校领导班子所作的分析检查报告，主要包括四个方面的内容：一、近年来践行科学发展观、履行研究生教育管理职能的情况。具体包括：抓住机遇，快速发展，超额完成知识创新二期各项目标，推动以人才培养为中心的各项任务的完成；完善机制，深化改革，不断提高研究生教育培养质量；坚持党管干部、党管人才，大力推动教师骨干队伍建设；以价值理念、和谐创新为重点，营造团结奋进的文化氛围；整合资源，克服困难，基本完成新园区建设前期工作。二、深入学习实践科学发展观的认识和体会。具体包括：科学发展观的形成发展与改革开放的伟大历史进程紧密相联；科学发展观是发展中国特色社会主义伟大事业必须坚持和贯彻的重大战略思想；科学发展观是加强和改进党的建设的强大思想武器；科学发展观是推进研究生院及中科院研究生教育事业改革创新发展的行动指南。三、贯彻落实科学发展观存在的问题及原因分析。具体包括：针对研究生教育的总体发展战略研究不够，尚需付出更大的努力，取得更扎实的突破；研究生教育体制机制的改革与创新还需要进一步深化，全方位提升学生培养质量的观念和举措还没有到位；队伍建设的力度和相关配套待遇突破不够，人员聘用、激励与评估机制还需进一步完善和加强，师资队伍的建设与规划需要提早布局；校园文化建设在深度和广度上拓展不够，未能充分发挥其素质教育的功能；党建工作现状与学校科学发展要求存在差距，党组织的活力和作用有待加强，学生党建工作需要更加重视和有效改进；领导班子的思想建设和作风建设需要继续加强，领导能力和水平有待进一步提高。四、深入贯彻落实科学发展观的总体思路和举措。具体包括：精心谋划学校未来发展蓝图，创造研究生教育全面协调可持续发展的新局面；贯彻“三统一、四结合”办学方针，进一步深化院所结合的体制机制，充分发挥中科院科教结合培养研究生的综合优势；不断完善研究生教育质量保证体系，进一步提升教育培养质量；积极应对新园区启用将带来的挑战，及早谋划、合理规划、提前部署，建立起数量适度、结构合理、适应需求的师资队伍与管理支撑队伍；大力加强校园文化建设，整合各方资源，构建高品位多层次的校园文化体系，营造良好的育人环境和氛围；进一步改进党建工作，为科学发展、人才培养提供坚强的政治和组织保障。
会后，学习实践活动领导小组办公室对回收的112份评议表（含人大代表、政协委员、民主党派、无党派人士代表先行评议的17份）进行了统计，总体评价认为领导班子分析检查报告“很好”的占41.1%，“好”的占49.1%，两项合计占90.2%；认为“一般”的占8%，认为“较差”的占1.8%。这个统计结果标志着研究生院学习实践活动已圆满完成第二阶段的任务，同时顺利进入第三阶段即“整改落实”阶段。
